Nadat we onlangs hebben stilgestaan bij de roerige carrière van Big Boss staan we in dit deel stil bij het verhaal achter Solid Snake, de ‘zoon’ van Big Boss. Voor velen bood Solid Snake de eerste ervaring met de Metal Gear Solid-serie, maar Solid Snake vormde uiteindelijk de grootste spil in de val van de Patriots. Hoe dit alles in elkaar steekt gaan we je proberen uit te leggen in het tweede en laatste deel van ‘Metal Gear in chrono(n)logische volgorde’.

Het is meer dan 11 jaar na de gebeurtenissen van The Phantom Pain wanneer Big Boss inmiddels een aardig leger heeft weten op te bouwen, gesitueerd in Outer Heaven en Zanzibar Land, waarmee hij zich tracht te meten aan wereldwijde regeringsstelsels. De plannen die Big Boss voor ogen heeft, worden alleen op beide locaties verijdeld door Solid Snake, waarvan lang werd gedacht dat het zijn zoon was. Later bleek dat Solid Snake slechts een van de drie klonen van Big Boss is die zijn voortgekomen uit een project genaamd “Les Enfants Terribles”.

Wat Solid Snake niet weet, is dat hij gebruikt wordt door Major Zero, die nog een appeltje te schillen heeft met Big Boss. Na het voltooien van zijn missies, en het uitschakelen van Big Boss, wordt het lichaam van Big Boss in het geheim afgevoerd door Zero’s Patriots, die het daarna in een oneindige coma weten te houden. Deze inmiddels geheel op A.I. draaiende Patriots houden Zero’s idealen overeind, gezien hij zelf al meer dan tien jaar in vegetatieve staat verkeert, en lijken totaal niet meer te stroken met de idealen die The Boss ooit voor ogen had. Dit zit niet helemaal lekker bij Ocelot, ooit Big Boss’ rechterhand en biologische zoon van The Boss. Gezien de Patriots inmiddels behoorlijk machtig zijn geworden, heeft Ocelot ook meer dan zijn kennis nodig om deze een halt toe te roepen.

Het is uiteindelijk in 2005 dat Ocelots plannen aan het licht lijken te komen gedurende de gebeurtenissen van Metal Gear Solid, wanneer een groep terroristen de controle lijkt te krijgen over een dumpplaats voor nucleaire wapens: Shadow Moses Island. Het complex huisvest een enorm gevaarte genaamd Metal Gear REX. Het is wederom aan Solid Snake om polshoogte te gaan nemen, niet wetende dat hij daar oog in oog zal komen te staan met zijn ‘tweelingbroer’ Liquid Snake, de tweede kloon van Big Boss, maar ook met Ocelot.

Het hele incident op Shadow Moses Island zou achteraf gebleken in werking zijn gezet door de President van de Verenigde Staten George Sears die ook bekend is onder een andere naam: Solidus Snake, de derde en laatste kloon van Big Boss, wiens enige doel bestond uit het verkrijgen van data uit Metal Gear REX. Met deze data zou Solidus uiteindelijk kans maken om zich te keren tegen de Patriots. Door Ocelot op pad te sturen om de discs van REX te bemachtigen, zou hij aan deze data komen, al leek hij niet door te hebben dat juist Ocelot één van de oprichters van de Patriots is. Ocelot speelt het spelletje mee, al is het wel uit eigenbelang. Door Liquid Snake te manipuleren, lijkt hij dan ook zijn doel te gaan halen.

Liquid weet na verloop van tijd REX opgestart te krijgen nadat hij Solid zodanig om de tuin weet te leiden dat hij REX activeert. Alles lijkt verloren, totdat Solid Snake contact weet te leggen met de ontwikkelaar van de machine, Hal ‘Otacon’ Emmerich, de zoon van Huey Emmerich en Dr. Strangelove. Na enkele instructies weet Solid uiteindelijk REX uit te schakelen, en daarmee Liquid te doden. Na het gedoseerd uitlekken van het incident en het bestaan van REX aan de media ziet Solidus geen andere optie dan af te treden als president, waarbij hij wel de data van REX met zich mee lijkt te nemen. Van Solidus ontbreekt naderhand elk spoor. In zijn afwezigheid plant Solidus een aanval tegen de Patriots.

Na het Shadow Moses debacle komt het Solid Snake en Otacon ter oren dat er een nieuwe amfibie-Metal Gear genaamd RAY in de omgeving wordt vervoerd in een olietanker. Snake wil daar graag het fijne van weten en infiltreert de tanker, wanneer Ocelot zijn kans grijpt en de infiltratie een halt toeroept door een gat in de tanker te blazen met behulp van een serie explosies. Nog voordat hij de locatie met REX verlaat, lijkt hij onverklaarbare problemen met zijn rechterarm te krijgen, de rechterarm die hij verloor in een gevecht met Solid Snake op Shadow Moses Island. Zijn aangezette arm bleek eerder toe te behoren aan Liquid Snake, waardoor Ocelot kennelijk bezeten is geraakt.

Het uiteindelijke verhaal van Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty speelt zich twee jaar na deze gebeurtenissen af, wanneer een oorlogsveteraan genaamd Raiden naar de ‘Big Shell’ wordt gestuurd, een waterzuiveringsinstallatie gelegen op de plek waar de tanker ooit zonk. Wat Raiden niet weet, is dat hij onderdeel uitmaakt van een experiment van de Patriots genaamd de ‘Solid Snake Simulation’, gebaseerd op het Shadow Moses incident. Raiden wordt gedurende dit experiment lichamelijk en psychisch getest en in de gaten gehouden om zo de Patriots van de nodige informatie te voorzien waardoor ze hun software kunnen verbeteren. Zelfs de gehele Big Shell is een leugen, ooit gebouwd onder de voorwendselen dat het de olie van het ‘tankerongeluk’ moest opruimen, terwijl het in feite een fort blijkt te zijn waarin een Metal Gear genaamd Arsenal Gear wordt gehuisvest.

Nadat duidelijk wordt dat er een nieuwe Metal Gear is, komt Solidus dan ook vlot in actie om deze te bemachtigen, waardoor het experiment van de Patriot verloopt zoals gepland. Solidus handelt onwetend op dezelfde manier zoals Liquid deed op Shadow Moses, terwijl Raiden de rol van Solid Snake vertolkt, waarbij de Patriot tot in de kleinste details het vorige incident recreëren. De enige mensen die geen deel uitmaken van de simulatie, en daardoor ook deze laten crashen door hun interventies, zijn Solid Snake en Ocelot. Het is door hen dat een worm, ontwikkeld door Emma Emmerich, de A.I. van het systeem weet te verstoren, een A.I. die ze zelf heeft ontwikkeld.

Aan het einde van de simulatie zijn het louter Raiden, Ocelot, Snake en Otacon die nog overeind staan, nadat Raiden Solidus heeft uitgeschakeld, op verzoek van de Patriots. Terneergeslagen door wat hij heeft geleerd van deze simulatie denkt hij aan een speech van Snake, waarna Raiden besluit zijn eigen weg te kiezen en te handelen naar waar hij zelf in gelooft, iets waar The Boss zich altijd voor heeft ingezet. Het lijkt de reden te zijn waarom Ocelot Snake laat gaan, wetende dat hij en Snake beide hetzelfde doel voor ogen hebben.

Er zijn wederom vijf jaren verstreken tot het slotstuk in de reeks, Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots. Het nieuws omtrent Arsenal Gear heeft regeringen wereldwijd doen besluiten de controle over legers te verspreiden om zo supermachtige instanties te vermijden. PMC’s (Private Military Companies) worden in het leven geroepen om troepen te verdelen. Een nadelig effect ervan lijkt ‘war economy’ te zijn, waardoor oorlog een vorm van commercie wordt. De Patriots faciliteren deze war economy door middel van SOP: Sons of the Patriots, een vorm van softwarematige controle over het slagveld. Iedere soldaat is uitgerust met nanomachines die controle over het lichaam nemen, maar ook nadelige effecten van oorlog zoals angst en geweten uitschakelen. Hiermee trachten de Patriots gewetenloze supersoldaten te creëren die met een druk op de knop te manipuleren vallen. Het SOP zorgt er ook voor dat wapens alleen nog maar te benutten zijn door soldaten met het juiste ID, waardoor alleen een desbetreffend persoon het wapen kan benutten.

Gedurende het verhaal blijkt dat vijf van deze PMC’s, die samen het grootste aandeel vormen, worden bestuurd door een overkoepelend bedrijf genaamd Outer Heaven, bestuurd door niemand minder dan Liquid Ocelot, nog steeds bezeten door Liquid Snake’s rechterarm. Door middel van deze PMC’s wil Ocelot in opstand komen tegen de SOP, iets waar de door een virus genaamd FOXDIE versneld verjarende Solid Snake een einde aan dient te maken. Het lijkt allemaal in kannen en kruiken, gezien Snake al snel kans ziet om Ocelot uit te schakelen, maar een onverklaarbare pijn verhindert dat. Achteraf blijkt dat Ocelot de nanomachines heeft weten uit te schakelen, waardoor alle onderdrukte emoties van de afgelopen conflicten in één klap hun effect op hem hebben. Later herhaalt Ocelot dit ‘experiment’, met dezelfde uitkomst.

Snake komt al gauw tot de conclusie dat Ocelot de SOP niet wil vernietigen, maar juist naar zijn eigen hand wil zetten, iets waar hij de genetische code en biometrische data van Big Boss voor nodig heeft. De eerdere experimenten bleken gefaalde hack-pogingen te zijn, waar Ocelot de genetische data van Solid en Liquid voor heeft gebruikt. Gezien Solid en Liquid beiden geen complete klonen van Big Boss zijn, mislukte het experiment tot twee keer toe. Al snel beseft Ocelot dat hij het in coma gehouden lichaam van Big Boss zelf nodig zal hebben om het experiment te laten slagen, waarna de jacht op Big Boss begint.

Ondanks alle pogingen om Ocelot voor te zijn, lukt het Solid Snake niet om er eerder te zijn, waardoor Ocelot zijn handen weet te leggen op het lichaam van Big Boss. De gevolgen ervan zijn catastrofaal, aangezien Ocelot vrijwel ieder leger weet plat te leggen en totale chaos weet te veroorzaken. Een van SOP’s vijf A.I.’s daarentegen belemmert Ocelot ervan om zijn uiteindelijke doel te verwezenlijken, iets wat alleen maar verholpen kan worden door deze A.I. te vernietigen. Geen enkel wapen lijkt sterk genoeg of werkzaam door Ocelots aanval, op de railgun van REX na, die nog op Shadow Moses ligt.

Na een achtervolging komt Snake tot de ontdekking dat Ocelot is geslaagd in zijn missie om de railgun te bemachtigen, waardoor hij zich genoodzaakt voelt om het Arsenal Gear-achtige voertuig Outer Haven te infiltreren, een voormalig Patriots voertuig wat in beslag genomen is door Ocelot. Door de server van dit voertuig, en onderdeel van een van de vijf A.I.’s, te vernietigen, kan Snake alsnog een stokje voor Ocelots plannen steken. Na een lange en slopende missie lukt het Snake om een virus van Otacon te uploaden in de server. Daarbij blijkt dat het virus zich niet tot deze ene server beperkt, maar zelfs de centrale A.I. weet aan te tasten. Terwijl Snake op sterven na dood lijkt te zijn, onderschept hij in het virus een boodschap dat het virus ontworpen was om het hele systeem te vernietigen, gezien de Patriots zich niet wilden beperken tot het beheersen van soldaten, maar de gehele mensheid.

Na een bitter en slopend gevecht met Ocelot, die het gevecht niet overleeft, blijft Snake achter met slechts een greintje leven in hem. Het is op dat moment dat Snake benaderd wordt door Big Boss, uit zijn coma ontwaakt, en hem toespreekt. Snake leert dat het al die tijd Ocelots plan was om de Patriots uit te roeien en de wereld vrij van hun invloeden te maken. Terwijl Big Boss de stekker uit de beademing van de mede aanwezige Major Zero trekt, komt het besef dat Major Zero, zijn A.I. en zijn Patriots tot het verleden behoren, en de wereld vrij is.